南化公司下设综合管理部等12个职能部门（其中设备工程部中设有电仪中心1个附属机构），信息化与计量中心等5个直属机构，煤化工部等8个单位和化工机械有限公司等2个子公司。另外设有福建古雷苯胺-橡胶助剂产业链项目管理部。
